Найважливішою умовою об’єктивного проведення заходів державного нагляду (контролю) в сферах зберігання зерна, рослинництва, насінництва і розсадництва, охорони прав на сорти рослин та ГМО у відкритих системах є правильний відбір проб насіння, зерна та рослин для визначення наявності генетично модифікованих організмів.
Порядок проведення відбору зразків регулюється ст. 13-16 Закону України «Про основні засади державного нагляду (контролю) у сфері господарської діяльності».

Державною службою України з питань безпечності харчових продуктів та захисту споживачів розглянуто та схвалено методичні рекомендації (протокол № 3 від 4 жовтня 2019 р.). «Методичні рекомендації щодо відбору проб насіння, зерна та рослин для визначення наявності генетично модифікованих організмів під час здійснення заходів нагляду (контролю) в сферах зерноведення, рослинництва, насінництва і розсадництва, охорони прав на сорти рослин та ГМО у відкритих системах».

Ці методичні рекомендації поширюються на призначене для сівби насіння, зерно, рослини сільськогосподарських культур та встановлюють вимоги до здійснення відбору проб насіння, зерна та рослин для проведення оцінки наявності генетично модифікованих організмів. Проба відбирається з метою забезпечення статистично достовірного результату проведення оцінки наявності генетично модифікованих організмів у насінні, зерні, рослинах. Проводить такий відбір проб посадова особа органу державного нагляду (контролю) в сфері рослинництва та розсадництва – державний інспектор з насінництва та розсадництва терорганів Держпродспоживслужби.

Власник насіння, зерна зобов’язаний забезпечити необхідні умови для проведення вказаних робіт. Пробу оформлюють актом відбирання установленої форми. Після закінчення процедури відбирання проби мають бути укомплектовані, упаковані, опломбовані (опечатані) та відразу, в найкоротший термін бути передані до лабораторії особисто інспектором або уповноваженою особою. Транспортування відібраних зразків здійснюють в умовах, що забезпечують незмінність параметрів, за якими проводитиметься експертиза та оформляються Протоколом випробування.

Після отримання Протоколу випробування Інспектор проводить порівняння результату аналізу контрольних проб з результатом аналізування проб, зазначеним у попередніх документах про якість насіння, виданих органом з оцінки відповідності та робить відповідний висновок за результатами контрольного аналізу.

Утилізація насіння, зерна сільськогосподарських культур, де виявлені ГМО, здійснюється в порядку, що встановлюється центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері освіти і науки, та центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування державної політики у сфері охорони навколишнього природного середовища.